La méthode IDEA, centrée essentiellement sur la polyculture-élevage dans sa première version, ne prenait pas en compte les systèmes de production spécialisés (maraîchage, plantes ornementales, viticulture et arboriculture) pour la dimension agroécologique. La viticulture et l’arboriculture étaient mal évaluées par les indicateurs agroécologiques et les pistes d’amélioration semblaient peu adaptées aux réalités et contextes spécifiques des cultures pérennes. Cette situation était encore plus nette pour le maraîchage et l’horticulture sous abris qui constituent aujourd’hui des activités de production hautement spécialisées et qui évoluent dans un marché de plus en plus segmenté et soumis à la concurrence mondiale.
Malgré les réserves des concepteurs de la méthode sur la durabilité à long terme des systèmes monospécialisés et / ou sans lien véritable avec le sol, il a semblé important de tenter de répondre à ces attentes qui étaient exprimées aussi bien par les producteurs que par les enseignants, manifestement confrontés à un déficit en outils pédagogiques susceptibles de favoriser des orientations plus soutenables. Pour toute production, il existe en effet nécessairement des voies d’amélioration, capables de combiner efficacité économique et réduction des coûts écologiques, et, de ce point de vue, la demande d’un outil de diagnostic adapté aux productions très spécialisées était légitime et recevable. Pour cette raison, sous l’impulsion de la DGER, deux sous-groupes de travail pilotés par le CEZ-Bergerie nationale de Rambouillet, avec l’appui du groupe de suivi IDEA, ont repris la méthodologie initiale pour intégrer les spécificités de ces productions spécialisées. La deuxième version a résulté de ce travail en intégrant les caractéristiques propres aux cultures pérennes (arboriculture et viticulture), ainsi qu’aux productions légumières et florales de plein champ et sous abris.